Prokaryot ve Ökaryotlar Hakkında Bilgi

'Diğer Mesleki Bilgiler' forumunda Mavi_inci tarafından 5 Ocak 2011 tarihinde açılan konu

  1. Mavi_inci

    Mavi_inci Özel Üye

    Sponsorlu Bağlantılar
    Prokaryot ve Ökaryotlar Hakkında Bilgi konusu Prokaryot ve Ökaryotlar Hakkında Bilgi

    Ribozomlar hem prokaryot hem de ökaryotlarda iki altbirimden oluşur. Bu altbirimler santrifüjleme sırasında hangi hızda sedimante oldukları ile ilişkili olarak adlandırılır (adlarındaki S, Svedberg birimine karşılık gelir). Tabloda parantez içindeki rakamlar, altbirimde bulunan rRNA moleküllerine aittir.

    [​IMG]


    Not:
    Altbirimlerin S birimlerinin toplamı ribozomun S birimine eşit değildir, çünkü sedimantasyon hızı sadece kütle değil, taneciğin şekline de bağlıdır. Ayrıca ribozomların oluşumunda birkaç proteinlerde yer alır. Ökaryotların ribozomal küçük altbirimi 33 protein ve büyük altbirimi ise 49 protein içermektedir.

    Prokaryotlar

    Prokaryotlarda 30S ribozomal altbirimde 16S ribozomal RNA bulunur. 50S ribozomal altbiriminde ise iki rRNA türü vardır, bunlar 5S ve 23S rRNA'lardır.
    Bakterilerde 16S, 23S ve 5S rRNA genleri beraberce transkripsiyonu yapılan bir operon olarak organize olurlar. Genomda bu rRNA operonlarından birden fazla bulunabilir (örneğin, E. coli 'de yedi tane vardır). Arkelerde de bir veya birden çok rRNA olabilir. 16S, 23S ve 5S rRNA'ları, öncül bir RNA transkriptinin (pre-rRNA) üç parçaya kesilip, bu parçaların da uçlarının kısaltılması sonucu meydana gelirler.
    Ribozomlarda 16S rRNA'nın 3' ucu, mRNA'nın 5'ucunda bulunan Shine-Dalgarno dizisine bağlanır.

    Ökaryotlar


    [​IMG]

    Bakteriyel küçük ribozom altbirim rRNA'sı, 5' bölgesinde baz eşleşmesi (RfamRF00177'dir
    veritabanından). Bu örnek RF00177'dir


    Ökaryotlarda küçük ribozomal altbirimde 18S bulunur, büyük altbirimde ise üç tane rRNA türü vardır: 5S, 5.8S ve 28S rRNA'lar.


    Ökaryotlarda rRNA genlerinin pekçok kopyası vardır, bunlar ardarda dizilmiş tekrarlar şeklinde olur.

    Yukarıda belirtilen sitoplazmik ribozomlardaki rRNA tiplerine ek olarak hayvanlardaki mitokondriBitki mitokondrilerinde bu ikisine ek olarak bir de 5S rRNA vardır. ribozomlarında da rRNA'lar (12S ve 16S) bulunur.

    Ribozomal rRNA'lardan 28S, 5.8S ve 18S rRNA'lar, tek bir RNA molekülünün işlemden geçmesi sonucu oluşur. Memelilerde bu öncül rRNA (pre-rRNA) 45S büyüklüğündedir, bunun başından ve sonundan birer parça, iç kısmından da iki parça çıkınca kalan parçalar 28S, 5.8S ve 18S büyüklüğünde olur. Bu işlemden sonra 5.8S rRNA ve 28S rRNA birbirlerine hidrojen bağlarıyla bağlanırlar. 5S rRNA ayrı bir genden yazılır.

    Büyümekte olan hücreler pekçok ribozoma gerek duyduklarından çok sayıda rRNA sentezlemek durumundadırlar. Bu yüzden genomda çok sayıda rRNA geni bulunur. 45S rDNA geni, herbiri 30-40 tekrardan oluşan (kromozom 13, 14, 15, 21 ve 22'de) beş küme halindedir. Bunların transkripsiyonu RNA polimeraz I tarafından yapılır. 5S rRNA'nın transkripsiyonu ise RNA polimeraz III tarafından yapılır. 5S rRNA, 200-300 gen tarafından kodlanır, bunlar da ardarda dizilmiş tekrarlardan oluşur, bu tekrar kümelerinden en büyüğü kromozom 1q41-42'dedir. Kurbağa yumurtalarında gözlemlenmiş bir olgu, rRNA gen kopya sayısının diğer hücre tiplerinden birkaç bin katı daha çok olduğudur. Yumurta hücresinin büyüklüğü ve onun çok miktarda protein üretme gereğinden dolayı, genomdaki rRNA gen sayısının amplifikasyonunu sağlayan bir mekanizma mevcuttur.

    28S, 5.8S ve 18S rRNA'ları çekirdekçikte sentezlenir, 5S rRNA'sı ise çekirdeğin farklı bir bölgesinde sentezlenir.

    Ribozomlarda 18S rRNA'sının 3' ucu, mRNA'nın 5'ucu ile baz eşleşmesi yaparak mRNA'nın çevirisinin başlamasını sağlar.


    Ribozom altbirimlerindeki RNA'nın üç boyutlu yapısı X-ışını kristalografisi ile çözülmüştür. Bu RNA dört bölgeden oluşur, bunlar 5', merkez, 3' majür ve 3'minör bölgelerdir. 5' bölgenin yapısının modeli (500-800 nükleotitten oluşan) şekilde gösterilmiştir. Ribozomda peptit bağının oluştuğu aktif merkez tamamen rRNA'dan oluşur.

    Ribozomal RNA'nın işlevsel bölgelerinde (örneğin, peptidil transferaz veya altbirim arayüzünde) bulunan nükleozitlerin çoğu transkripsiyon sonrası değişime uğramıştır, muhtemelen bu değişimler ribozom fonksiyonu için önemlidir. rRNA'daki baz modifikasyonlarının meydana gelmesinden küçük nükleolar RNA'lar (snoRNA'lar) rol oynar, bunlar rRNA ile baz eşleşmesi yaparak modifikasyonu yapacak enzimleri pre-rRNA'nın uygun yerlerine yönlendirirler
     

Bu Sayfayı Paylaş